Hiệu trưởng: TS. Vũ Văn Tiến
- Phòng làm việc: Tầng 3 nhà D2
- Điện thoại (cơ quan):
- Email: tienvm@hnue.edu.vn
- Phụ trách: Chung.
Phó hiệu trưởng: TS. Phạm Sỹ Cường
- Phòng làm việc: Tầng 3 nhà D2
- Điện thoại (cơ quan):
- Email: cuongps@hnue.edu.vn
- Phụ trách: Chuyên môn.
Phó hiệu trưởng
: ThS. Phạm Minh Phương
- Phòng làm việc: Tầng 3 nhà D2
- Điện thoại (cơ quan):
- Email: phuongpm@hnue.edu.vn
- Phụ trách: Cơ sở vật chất.
Các trưởng Ban phụ trách khối THPT Chuyên từ khi thành lập:
GS. Hoàng Chúng: 1966 - 1967
GS. Nguyễn Quốc Chinh: 1967 - 1969
Phan Văn Viện: 1969 - 1992
Nguyễn An Nghi: 1992 - 2002
Doãn Minh Cường: 2002 - 2005
PGS. TS Nguyễn Văn Bính: 2005 - 2007
TS Nguyễn Đức Hoàng: 2007 - 2019
TS Vũ Văn Tiến: 2020 - Nay